Kreta kent ongeveer 2000 plantensoorten en velen daarvan komen alleen nog op Kreta voor, zoals de Kretenzische ciste-roos, de Kretenzische iris, de Kretenzische pijpbloem, de Kretenzische zwaardlelie en de Diktamo, verwant aan onze majoraan. De meest zeldzame soorten worden in de bergen gevonden. Wilde kruiden worden voornamelijk in de bergen gevonden, onder andere salie, marjolein, tijm en dragon.
De meeste bossen op Kreta zijn in de loop der tijden verdwenen. Er werden veel bossen gekapt voor de scheepsbouw en ook de alles kaal grazende geiten hebben gezorgd voor een grotendeels kaal steenlandschap (phrygana).
Hier groeien alleen nog wat struiken (struikwolfsmelk, rozemarijn, lavendel, venkel) en kleinere soorten bomen als de steeneik en af en toe nog cipressen en dennenbomen.
Bloemen groeien hier alleen in de lente als er genoeg regen gevallen is. Het betreft dan onder andere anemonen, wilde narcissen, tulpen, orchideeën, mimosa, lupinen, zonnerozen, affodillen en irissen. Olijfbomen kunnen goed tegen de droogte en zijn dan ook nog op veel plaatsen te vinden. In de dalen zijn her en der nog eiken, esdoorns en populieren te vinden. De ingevoerde palmbomen doen het goed langs de kusten van Kreta. Een toeristisch hoogtepunt is het dadelpalmbos van Vai aan de noordkust. Langs de kust groeien verder nog johannesbroodbomen, eiken, platanen, cipressen, eucalyptussen en kastanjes. Amandelbomen, de metershoge Amerikaanse agave (aloë) en oleanders komen overal voor.