Vanaf de 6de eeuw bleken de Arabieren gevaarlijke vijanden. Door de islamisering van Noord-Afrika kwam Kreta in de frontlijn te liggen. In 673 en 715 volgden hevige aanvallen op Kreta, en in 828 werd het helemaal veroverd door de Arabieren. Onder leiding van Aboe-Hafs Omar werd het eiland geplunderd en Gortys verwoest. Veel Kretenzers werden als slaaf verkocht en de Arabieren gebruikten Kreta als uitvalsbasis bij hun rooftochten op de Middellandse Zee. De nieuwe hoofdstad werd gevestigd op de plaats van het huidige Iraklion en heette Rabd el-Kandak.
In 961 lukte het de Byzantijnen om Kreta te heroveren, maar de bloeiperiode keerde niet meer terug. De islamieten werden verslagen door de latere keizer van het Byzantijnse rijk, Nikeforos Fokas.