In de 1ste eeuw v.Chr. kregen de Romeinen steeds meer macht en invloed in het oostelijke Middellandse-Zeegebied. De aanval van de Romeinen onder Marcus Antonius, onder meer noodzakelijk vanwege de vele piraten die zich op het eiland bevonden, wisten de Kretenzers af te slaan. In 64 v.Chr. landde de Romeinse generaal Quintus Caecilius Metellus op Kreta en had na drie jaar vechten alle Kretenzers op de knieën.
In 67 v.Chr. werd Kreta bij het Romeinse Rijk gevoegd en werd Gortys provinciehoofdstad.
Door de bezetting van de Romeinen kwam er een einde aan de vele oorlogen tussen de vroegere stadstaten en keerde de welvaart weer terug op het eiland. Later werd het oostelijke deel van Libië nog aan de provincie Kreta toegevoegd door keizer Augustus. In het jaar 60 landde de apostel Paulus op het eiland Cyrenaica en kwam Kreta in aanraking met het christendom. Paulus' leerling Titus, nu de beschermheilige van Kreta, werd door Paulus als bisschop benoemd en het lukte hem om de Kretenzers tot het christendom te bekeren.
In 337 viel het Romeinse rijk uiteen in twee delen en behoorde Kreta tot de door keizer Constantijn geregeerde oostelijke deel. Dit deel van het Romeinse rijk werd erg beïnvloed door de Griekse beschaving en breidde zich uit tot het Byzantijnse rijk dat zich ver uitstrekte tot buiten de grenzen van het oorspronkelijke Romeinse rijk. Enkele eeuwen later was het gebied gekrompen tot Griekenland en Klein-Azië. Kreta werd een zelfstandige provincie en profiteerde van de rust die er was onder de Romeinse overheersing.