In de Tweede Wereldoorlog vochten veel Kretenzers mee in het Griekse leger. Pas laat werd besloten om Kreta te verdedigen omdat men het wilde gebruiken om de Duitsers en Italianen vanuit het zuiden aan te vallen. De Engelse, Australische, en Nieuw-Zeelandse troepen waren onervaren en slecht bewapend en bovendien vochten de meeste Kretenzische mannen elders in Europa. Op 20 mei 1941 begon de Slag bij Kreta, niet met de Duitse vloot zoals de geallieerden dachten, maar vanuit de lucht met bombardementen en parachutisten.
De overmacht was te groot en al snel capituleerden de geallieerden, ondanks grote verliezen bij de Duitsers.
De Kretenzers voerden vanaf die tijd een guerrillaoorlog vanuit de bergen, die echter door zware Duitse represailles beantwoord werden en vele Kretenzers werden gemarteld en gedood. Het oosten van Kreta was door de Italianen bezet maar in 1943 liepen de Italianen over naar de geallieerden. De Kretenzers kregen op de valreep veel wapens van de Italianen te pakken die ze goed konden gebruiken in hun verzet tegen de Duitsers. In oktober 1944 bevrijdden de verzetsstrijders onder leiding van verzetsleider Pandouvas Heraklion, en in november was het grootste deel van Kreta in handen van het verzet. Pas in mei 1945 was geheel Kreta bevrijd.